مصطفی رونقی (Mostafa Ronaghi) (زاده ۱۹۶۸) زیست‌شناس ملکولی ایرانی است که در توالی‌یابی دی‌ان‌ای تخصص دارد. او دکتری خود را از موسسه فناوری پادشاهی سوئد در سال ۱۹۹۸ به دست آورد.
رونقی همراه با پال نایرن مخترع روش پایروسیکوئنسینگ برای توالی‌یابی DNA است. او بیش از ۵۰ مقاله علمی منتشر کرده و ۲۰ اختراع ثبت شده دارد. رونقی معاون ارشد شرکت ایلومینا است.
علاوه بر اختراعات به ثبت رسیده او بیش از 30 مقاله در زمینه DNA نوشته و در 20 کنفرانس بین‌المللی حضوری فعال داشته است. در حال حاضر هم رونقی عضو سازمان ژنوم انسانی و جامعه علوم پیشرفته آمریکاست.
او در سال 1968 در تهران به دنیا آمد و پس از گذراندن تحصیلات دبیرستانی به سوئد رفت. لیسانس خود را از دانشگاه کالمار و مدرک PHD را در زمینه بیوتکنولوژی از دانشگاه KTH اخذ کرد.
روش ابداعی پروفسور مصطفی رونقی استاد دانشگاه استنفورد امریکا ربه نحوی است که می توان در حین همانندسازی DNA ، آن را تعیین توالی کرد. DNA چهار نوع نوکلئوتید دارد. در این روش در هنگام همانندسازی هر یک از نوکلئوتید ها به تنهایی در دسترس DNA قرار میگیرد اگر نوکلئوتید مناسب برای اتصال به DNA باشد، پس از اتصال نوری ساطع می شود و دستگاه این نور را ثبت می کند. اگر نوکلئوتید مناسب نباشد نوری از دستگاه ساطع نمی شود و پس از حذف نوکلئوتید از محیط، نوکلئوتید بعدی در دسترس DNA قرار می گیرد. در نهایت براساس نور های ثبت شده DNA تعیین توالی می شود.