آپوپتوز (به انگلیسی: Apoptosis) یا آپوپتوزیس، گونه‌ای از مرگ سلولی طی فرایند مرگ برنامه‌ریزی‌شدهٔ سلول است که در جانداران پرسلولی به وقوع می‌پیوندد.
سازوکار مرگ برنامه‌ریزی‌شدهٔ سلول‌های دوهسته‌ای که در پی سازوکارهای درون‌سلولی و به‌ویژه قطعه‌قطعه شدن ژنگان رخ می‌دهد را آپوپتوز یا مرگ برنامه‌ریزی‌شدهٔ سلول (programmed cell death) می‌گویند.
آپوپتوز روندی فیزیولوژیک و زیستی برای نمو فعّال و طبیعی و همچنین حفظ هموستازی می‌باشد. در مواردی که زنده ماندن یک سلول، موجودیّت موجود زنده را به خطر بیندازد، سلول با مرگ برنامه‌ریزی شده، خودکشی می‌کند. زمانی که سلول تحت تأثیر عوامل مختلف محیطی یا حتی درونی همانند پرتوهای یونیزه کننده، داروهای کُشندهٔ سلول (در درمان سرطان‌ها) هایپرترمی، هورمون‌های گلوکوکورتیکوئیدی و غیره قرار می‌گیرد درونمایهٔ آن از جمله دی‌ان‌ای، دستخوش تغییراتی می‌شوند که در صورت ادامهٔ حیات آن منجر به ناهنجاری‌هایی شدیدی از جمله سرطانی شدن سلول می‌شوند. عوامل دیگری نظیر برخی باکتری‌های بیماریزای داخل سلولی مانند سالمونلا، شیگلا، لیستریا، لژیونلا و … نیز در هنگام عفونت‌زایی خود با تغییر، در برخی مسیرهای متابولیکی و زیست‌شیمیایی داخل سلولی می‌توانند، در هدایت سلول به سمت این نوع خاص از مرگ مؤثر باشند.
مرگ برنامه‌ریزی شدهٔ سلولی، از طریق مسیرهای مختلفی، برانگیخته می‌شود، برخی از این مسیرها در اثر اتّصال لیگاندهایی به گیرنده‌های سطح سلول، و برخی دیگر از این مسیرها در اثر فقدان برخی فاکتورهای رشد، راه اندازی می‌شوند. آسیب‌های شدید به مادّهٔ ژنتیکی سلول نیز، می‌تواند مسیرهای مختلفی، که منجر به اپوپتوز می‌شوند، را راه اندازی کند. اپوپتوز یک روند فیزیولوژیک مرگ سلول است که در اثر فعال شدن آنزیم‌های گروه کاسپاز رخ می‌دهد. نسبت درون سلولی پروتئین‌های مشوق اپوپتوز مانند (BAXیا Bak) به پروتئین‌های ضد اپوپتوز مانند(BCL_2) تعیین‌کننده حساسیت سلول نسبت به آپوپتوز می‌باشد.