توضیحات

فهرست مطالب

فصل اول: آشنایی با بیوانفورماتیک

1 . سیر تاریخی علم بیوانفورماتیک
2 . مروری بر اسیدهای نوکلئیک و پروتئین
3 . قالب خواندن
4 . توالی یابی DNA
1-4 . تعیین توالی به روش سنگر
2-4 . تعیین توالی به روش ماکسام-گیلبرت
3-4 . روش های جدید توالی یابی
4-4 . کاربردهای روش های جدید توالی یابی
1-4-4 . توالی یابی مجدد ژنوم های شناخته شده
2-4-4 . توالی یابی مناطق هدف
3-4-4 . تعیین توالی از نو
4-4-4 . ب ررسی تغییرات اپی ژنتیک
5-4-4 . توالی یابی اسیدهای نوکلئیک آزاد موجود در خون

فصل دوم: کاربردهای بیوانفورماتیک

1 . مقدمه
2 . کاربرد بیوانفورماتیک در زیست شناسی
1-2 . تجزیه و تحلیل اطلاعات توالی
2-2 . تحلیل عملکرد ژنوم
3-2 . مشخص کردن کلیه پروتئین های موجود در سلول
4-2 . نقشه برداری برهمکنش های بین پروتئینی
5-2 . نقشه برداری آرایش های پروتئینی
6-2 . پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین
7-2 . مطالعه ی متابولوم

3 . کاربرد بیوانفورماتیک در کشاورزی

1-3 . بهبود محصول
2-3 . بهبود کیفیت غذایی
4 . کاربرد بیوانفورماتیک در مطالعه ی ژنوم میکروبی
1-4 . پاکسازی زباله
2-4 . تغییرات آب و هوا
3-4 . صنایع لبنی و پروبیوتیک ها
4-4 . ا نرژی جایگزین
5 . کاربرد بیوانفورماتیک در پزشکی
1-5 . کشف دارو
2-5 . پزشکی فردی
3-5 . ژن درمانی

فصل سوم: پایگاه داده

1 . مقدمه
2 . پایگاه داده GenBank
2-2 . انواع داده های موجود در GenBank
1-2-2 . اطلاعات مربوط به DNA ژنومی
2-2-2 . اطلاعات مربوط به STS
3-2-2 . اطلاعات مربوط به GSS
4-2-2 . اطلاعات مربوط به EST
3 . معرفی صفحه اصلی NCBI
4 . آشنایی با پایگاه داده PubMed
1-4 . ذخیره نتایج حاصل از جستجو در پایگاه اطلاعاتی PubMed
5 . آشنایی با پایگاه داده Bookshelf
6 . آشنایی با پایگاه اطلاعاتی MeSH
7 . آشنایی با پایگاه اطلاعاتی
8 . بازیابی اطلاعات مربوط به یک ژن معین در پایگاه داده NCBI
9 . آشنایی با پایگاه داده RefSeq
10 . آشنایی با پایگاه داده UniProt
11 . یافتن توالی های پروتئینی یا نوکلئوتیدی مشابه با توالی مورد نظر با استفاده از برنامه BLAST
12 . اجرا BLASTP در NCBI
(Online Mendelian Inheritance in Man) OMIM

فصل چهارم: اصول آماده سازی، ویرایش و هم ردیف سازی توالی

1 . آماده سازی توالی
2 . ویرایش و هم ردیف سازی توالی
3. آموزش کاربردی ویرایش توالی با نرم افزار Chromas 2.6.2
4. آموزش کاربردی ویرایش و هم ردیف سازی توالی با نرم افزار BioEdit 7.2.5
1-4 . ویرایش توالی با نرم افزار BioEdit 7.2.5
2-4 . هم ردیف سازی توالی ها با نرم افزار BioEdit 7.2.5
5. آموزش کاربردی هم ردیف سازی با نرم افزار MegAlign

فصل پنجم: اصول طراحی پرایمر

1 . مقدمه ای بر واکنش زنجیره ای PCR
1-1 . ارزیابی محصولات PCR
2-1 . برخی از کاربرد های مهم PCR
2. پ رایمر
3. فاکتورهای مهم در طراحی پرایمر
1-3 . طول پرایمر
2-3 . دمای ذوب ) )Tm
3-3 . محتوای GC
4-3 . پایداری نوکلئوتیدهای انتهای 3´
5-3 . اجتناب از توالی های تکراری
6-3 . ا جتناب از Cross homology
7-3 . ا جتناب از تشکیل ساختارهای ثانوی
1-7-3 . پرایمردایمر
2-7-3 . ساختار سنجاق سری
4. نرم افزارهای طراحی پرایمر
5. آموزش کاربردی طراحی پرایمر با نرم افزار OLIGO 7
منابع
واژه نامه