ارسال توالی به GenBank

توضیحات

GenBank چیست ؟

GenBank پایگاه داده‌ای عمومی است، که مجموعه‌ای از توالی‌های نوکلئوتیدی و ترجمه پروتئینی آن‌ها را یادداشت دارد. فقط توالی‌های بکر را می‌توان به GenBank ارسال کرد. GenBank پایگاه داده‌ای با دسترسی آزاد بوده، که توسط مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) به عنوان قسمتی از همکاری پایگاه داده توالی نوکلئوتیدی بین المللی (INSDC) ایجاد شده و نگهداری می‌شود. مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی قسمتی از سازمان ملی بهداشت در ایالات متحده است.

گزینه‌های متعددی برای ارسال توالی به GenBank وجود دارد. BankIt، شکل تحت وب برای ارسال مستقیم توالی DNA است درحالیکه Sequin برنامه مستقل برای ارسال است. پس از ارسال توالی به GenBank، توالی برای بکر بودن مورد بررسی قرار می‌گیرد، بررسی تضمین کیفیت انجام می‌شود و شماره ثبت نام به داده‌های توالی اختصاص داده می‌شود.

پس از تایید، توالی ارسال شده به پایگاه داده عمومی منتقل می‌شود، جایی که تمام آن‌ها قابل بازیابی هستند. بطور کلی، ارسال‌هایی چون ارسال گروهی توالی بیان شده برچسب دار شده (EST)، توالی برچسب دار شده مکانی (STS)، نقشه برداری توالی ژنوم (GSS) و توالی ژنومی با توان بالا (HTGS) داده‌هایی بوده که در مقیاس بزرگ اغلب به مراکز توالی‌یابی ارسال می‌شوند.

پایگاهای داده عمومی

توالی‌های DNA که در پایگاهای داده عمومی (DDBJ، EMBL و یا GenBank) ذخیره می‌شوند، اجزای ضروری برای بررسی رایانه‌ای مطالعات زیست شناسی مولکولی هستند. مفید بودن و دقت تفسیر زیستی داده‌های توالی، در تشخیص عملکرد توالی ژن و برای جستجوی کارآمد تشابه حیاتی است. دیگر هیچ مجله‌ای داده‌های کامل توالی را چاپ نکرده به جای آن شماره دسترسی پایگاه داده برای فرآیندهای چاپ، ذکر می‌شود.

از این رو، فرآیند ارسال با توافق همکاری بین المللی اداره شده که هر توالی ارسال شده در هر پایگاه داده پس از چند روز از انتشار در پایگاهای داده دیگر به نمایش در می‌آید. به علاوه، توالی‌های ذخیره شده به صورت جهانی برای گروه‌ها و مراکز مختلف کاربری توزیع شده که باعث قالب بندی مجدد داده‌های ذخیره شده برای کاربران، با قالب مناسب برنامه و پایگاه داده آن‌ها می‌شود.