تکنولوژی ABI / SOLID

شرکت Sequencing by oligonucleotide Ligation and detection یا SOLID در سال ۲۰۰۶، تکنولوژی توالی یابی از طریق اتصال (Sequencing by ligation) را به بازار معرفی کرد و در همین سال نیز توسط شرکت ABI ) Applied biosystems) خریداری شد. با استفاده از این تکنولوژی، توالی هایی به طول ۷۵-۳۵ جفت باز خوانده می شود. مراحل آماده سازی نمونه ی DNA به طور تقریبی مشابه با سیستم توالی یابی ۴۵۴ است؛ به طوری که نمونه ی DNA مورد نظر به قطعات کوچکتری (حدود ۲۰۰ جفت باز) شکسته می شود و پس از اتصال آداپتور به انتهای قطعات حاصل، این قطعات از طریق Emulsion PCR تکثیر می گردند. 

در مرحلهی تعیین توالی، پرایمر توالی یابی که مکمل توالی آداپتور در انتهای قطعات DNA است، به این قطعات متصل می شود، سپس یک سری اکتامرهای اولیگو نوکلئوتیدی نشان دار شده با رنگهای فلورسنت، برای اتصال به پرایمر با یکدیگر رقابت می کنند. در این اکتامر، دو باز وسط (بازهای ۴ و ۵) با یکی از چهار رنگ فلورسنت نشان دار شده است. به این ترتیب، پس از اتصال اکتامر به پرایمر این بازها شناسایی خواهند شد.

---

مقالات مرتبط

توالی یابی نسل جدید

تکنیک توالی یابی ۴۵۴ | تکنولوژی 454 | پایروسکوئنسینگ

NGS | توالی یابی نسل جدید | next generation sequencing

---

 

تکنولوژی توالی یابی | Sequencing by oligonucleotide Ligation and detection | سیستم توالی یابی ۴۵۴ | Sequencing by ligation | آداپتور | Emulsion PCR | تعیین توالی | اکتامر | فلورسنت Sequencing error | توالی یابی چیست | تکنیک توالی یابی | sequencing | تکنیک‌های توالی یابی ژنوم | تکینک توالی یابی Sanger | توالی یابی DNA | تکنیک‌های توالی یابی نسل جدید | Next generation sequencing | توالی یابی نسل جدید | توالی یابی ۴۵۴ | توالی یابی Illumina | توالی یابی نسل سوم | تعیین توالی چیست | توالی یابی پایرو | روش های توالی یابی ژنوم | توالی یابی پروتئین | نسل جدید توالی یابی dna | توالی یابی rna | روش توالی یابی سنگر | تکنیک توالی یابی Sanger | تکنیک توالی یابی نسل جدید | تکنیک توالی یابی ۴۵۴ | تکنیک توالی یابی Illumina | تکنیک توالی یابی نسل سوم | مبانی بیوانفورماتیک . بیوانفورماتیک چیست . رشته بیو انفورماتیک . بیوانفورماتیک pdf . بیوانفورماتیک در ایران . رشته بیوانفورماتیک در ایران . بیوانفورماتیک به زبان ساده . نرم افزارهای بیوانفورماتیک . کاربرد بیوانفورماتیک در بیوتکنولوژی ٬ مبانی بیوانفورماتیک . طراحی دارو چیست . کارگاه طراحی دارو ٬ . آموزش طراحی دارو ٬ طراحی واکسن ٬ نرم افزار های طراحی دارو ٬ طراحی دارو با کامپیوتر ٬ کتاب طراحی دارو ٬ بیوانفورماتیک pdf ٬ دانلود کتاب بیوانفورماتیک به زبان ساده فارسی . دانلود کتاب بیوانفورماتیک . دانلود رایگان کتاب بیوانفورماتیک به زبان فارسی . آموزش بیوانفورماتیک . بیوانفورماتیک دانشگاه تهران . نرم افزارهای بیوانفورماتیک . سعید کارگر

اکتامر اولیگو نوکلئوتیدی پس از باز پنجم شکسته می شود و رنگ فلورسنت نیز آزاد می گردد. سپس، با اتصال اکتامر دیگر چرخه های هیبریداسیون و اتصال تکرار می شوند تا بازهای ۹ و ۱۰ تعیین توالی شوند. در چرخه بعدی بازهایی که در موقعیت های ۱۴ و ۱۵ قرار گرفته اند، توالی یابی می گردند. پس از یک سری چرخه های اتصال (Ligation)، قطعه ی مورد نظر با پرایمر مخصوص دیگری که مکمل موقعیت 1-n است، هیبرید می شود و دوباره، چرخه های اتصال اکتامر اولیگونوکلئوتیدی به پرایمر تکرار می گردد تا بازهای دیگر توالی یابی گردند. پس از ۵ دور هیبریداسیون پرایمرهای توالی یابی مختلف با قطعه ی مورد نظر و تکمیل تکرار چرخه های اتصال برای هر اکتامر اولیگو نوکلئوتیدی نشان دار، هر باز با استفاده از دو پرایمر توالی یابی و در طی دو واکنش اتصال مستقل توالی یابی می شود. این روش تعیین توالی در اصطلاح Two base encoding نامیده می شود (شکل).

صحت توالی های خوانده شده با استفاده از این تکنولوژی، در مقایسه با سیستم های دیگر در سطح بالایی است. به کمک این روش تعیین توالی، می توان بین خطای توالی یابی (Sequencing error) و چند شکلی تک نوکلئوتیدی (Single nucleotide polymorphism) تمایز قائل شد. این تمایز با در نظر گرفتن این مساله است که خطای توالی یابی تنها در یک واکنش تعیین توالی قابل ردیابی است، اما چند شکلی در هر دو واکنش شناسایی می شود. از این رو، دقت توالی یابی در این سیستم در مقایسه با سیستم های دیگر در سطح بالایی است. در ابتدا، در هر اجرای دستگاه تا Gb 3 توالی خوانده می شد، اما در دسامبر ۲۰۰۹، نسخه ی جدیدی از این تکنولوژی تحت عنوان Plus Plus 3TMsOLD معرفی شد که قادر است در هر اجرا، بیش از Gb ۶۰ توالی را بخواند.