مقدمه ای بر داکینگ مولکولی و شبیه سازی مولکولی

کشف دارو

مولکوالر داکینگ يکى از روش هاى زير مجموعه ی مدلينگ مولکولى در علم بيوانفورماتيک مى باشد و روشی پر کاربرد در طراحی دارو است. داکينگ مولکولى در تعيين برهم کنش بين دو مولکول مثل پروتئین با پروتئین یا پروتئین با DNA براى یافتن بهترين جهت گيرى يک ليگاند در يک کمپلکس با حداقل انرژى به کار برده مى شود. با پيشرفت علوم و تکنولوژى، استفاده از علوم بين رشته اى مانند بيوانفورماتيک کاربرد روز افزونى داشته است.
به غربالگری قبل از مرحله آزمایشگاهی فراهم گردیده است که كمک اين علم، امکان انجام محاسبات نرم افزاری و نهایتا این امر می تواند موجبات صرفه جويى در وقت و هزينه شود. برای مثال لیگاند در مبحث داکینگ می تواند یک دارو باشد، داروهای زیادی وجود دارند که می توانند به پروتئین ها متصل شوند و آنها را مهار یا تحریک کنند. با استفاده از تکنیک داکینگ می توان تعداد زیادی دارو را بررسی كرد و بر اساس نتايج حاصل، به منظور صرفه جويی در هزينه و زمان تنها تعداد اندكی از آنها را برای مطالعات بيشتر در فاز آزمايشگاهی انتخاب كرد. نتایج حاصل از داکینگ توسط یک تابع درجه بندی آماری تجزیه و تحلیل می شود.

این تابع درجه بندی آماری برای محاسبه انرژی برهم کنش، آن را به مقادیر عددی به نام درجه داکینگ تبدیل می کند. نتایج بدست آمده از داکینگ شامل اشکال 3 بعدی از لیگاند متصل شده به ماکرومولکول بوده که با استفاده از نرم افزارهايی مانند Pymol و Rasmol قابل مشاهده می باشد و می تواند در بدست آوردن بهترین حالت از لیگاند برای برهم کنش با ماکرومولکول به ما کمک نماید.