متاژنومیکس
روش جامع تر در مطالعه ی مولکولی اجتماعات میکروبی ژنومیک محیطی است که متاژنومیک نیز نامیده می شود. متاژنومیک از توالی یابی و آنالیز تمام ژنوم های میکروبی درمحیطی ویژه به منظور مشخص کردن کل محتوای ژنتیکی آن محیط استفاده می شود.
مطالعه ی متاژنومیک اولیه از پروکاریوت ها در دریای sargaso تنوع قابل توجی را نمایان ساخت. این مطالعه براساس آنالیز حدود یک ملیارد جفت باز DNA به دست آمده از آب سطحی بود که نتایج پیشنهاد کردند که حداقل 2800 گونه باکتریایی و آرکیایی، از جمله 148 فیلوتیپ که قبلا شناسایی نشده بودند و بسیاری ژن های جدید وجود دارند.