1. مقدمه
2. خواندن درخت
3. معرفی برنامه‌های رسم
4. درخت فیلوژنتیک
5. قواعد کلی
6. روش کار
7. مراحل انجام کار

سعید کارگر
فارغ التحصیل بیوتکنولوژی میکروبی دانشگاه تهران

درخت فیلوژنی چیست ؟

درخت فیلوژنی یا فیلوژنتیک، نموداری است که خطوط تکاملی نژادی را از سویه‌های متفاوت، ارگانیسم‌ها و ژن‌های اجدادی مشترک نشان می‌دهد. فیلوژنی‌ها برای سازماندهی درست تنوع زیستی، ایجاد دسته‌بندی و فهم حوادث اتفاق افتاده در طی تکامل مفید هستند. به علاوه، چون این درخت‌ها نژادهایی از اجداد مشترک را نشان داده و چون بسیاری از قوی ترین شواهد تکامل از اجداد مشترک می‌آید، فهمیدن فیلوژنی‌ها به منظور درک عالی شواهد حمایت کننده از نظریه تکامل است. اگرچه مورفولوژی و فیزیولوژی پروکاریوت‌ها بسیار آسانتر از یوکاریوت هاست، مقدار اطلاعات زیادی درباره توالی‌های مولکولی DNA، RNA و پروتئین آن‌ها وجود دارد. بنابراین، ممکن است که تشابهات مولکولی ارتباط ژن‌ها را نتیجه داده و با تعمیم برای شناخت ارتباط خود ارگانیسم‌ها استفاده شود. برای پی بردن به روابطی که تنوع حیات شناخته شده را در بر می‌گیرند، لازم است به ژن‌هایی که میلیاردها سال در انشعاب تکاملی محافظت شده‌اند، نگاه کنیم. یک مثال از این دسته از ژن ها، ژنی است که بعنوان RNA ریبوزومی (rRNAs) شناخته می‌شود. هدف این مطالعه ساخت درخت فیلوژنی در MEGA 5 با استفاده از قسمتی از توالی ژن 16S rRNA است. با مقایسه توالی‌های rRNA (یا هر مولکول مناسب دیگر) استنباط شده، امکان برآورد شاخه‌های تاریخی گونه‌ها و همچنین میزان کل تغییرات توالی‌ها وجود دارد.

فهرست مطالب رسم درخت فیلوژنتیک

• مقدمه
• خواندن درخت
• معرفی برنامه‌های رسم درخت فیلوژنتیک
• قواعد کلی
• روش کار
• مراحل انجام کار