مقدمه ای بر داکینگ مولکولی و شبیه سازی مولکولی

کشف دارو

مولکوالر داکینگ یکى از روش هاى زیر مجموعه ی مدلینگ مولکولى در علم بیوانفورماتیک مى باشد و روشی پر کاربرد در طراحی دارو است. داکینگ مولکولى در تعیین برهم کنش بین دو مولکول مثل پروتئین با پروتئین یا پروتئین با DNA براى یافتن بهترین جهت گیرى یک لیگاند در یک کمپلکس با حداقل انرژى به کار برده مى شود. با پیشرفت علوم و تکنولوژى، استفاده از علوم بین رشته اى مانند بیوانفورماتیک کاربرد روز افزونى داشته است.
به غربالگری قبل از مرحله آزمایشگاهی فراهم گردیده است که کمک این علم، امکان انجام محاسبات نرم افزاری و نهایتا این امر می تواند موجبات صرفه جویى در وقت و هزینه شود. برای مثال لیگاند در مبحث داکینگ می تواند یک دارو باشد، داروهای زیادی وجود دارند که می توانند به پروتئین ها متصل شوند و آنها را مهار یا تحریک کنند. با استفاده از تکنیک داکینگ می توان تعداد زیادی دارو را بررسی کرد و بر اساس نتایج حاصل، به منظور صرفه جویی در هزینه و زمان تنها تعداد اندکی از آنها را برای مطالعات بیشتر در فاز آزمایشگاهی انتخاب کرد. نتایج حاصل از داکینگ توسط یک تابع درجه بندی آماری تجزیه و تحلیل می شود.

این تابع درجه بندی آماری برای محاسبه انرژی برهم کنش، آن را به مقادیر عددی به نام درجه داکینگ تبدیل می کند. نتایج بدست آمده از داکینگ شامل اشکال 3 بعدی از لیگاند متصل شده به ماکرومولکول بوده که با استفاده از نرم افزارهایی مانند Pymol و Rasmol قابل مشاهده می باشد و می تواند در بدست آوردن بهترین حالت از لیگاند برای برهم کنش با ماکرومولکول به ما کمک نماید.