بیوتکر

رفع اشکال الکتروفورز آگارز | مشکلات الکتروفورز DNA و دلایل احتمالی آن ها

1. شدت پایین همه یا تعدادی از باندهای DNA

دلایل احتمالی:‌

• بارگذاری مقدار کم DNA Ladder
• رنگ آمیزی ناکافی و یا ناهمگون
• خارج شدن DNA از ژل
• نفوذ و پخش شدن DNA در ژل
• پوشیده شدن DNA توسط رنگ های مورد استفاده در رنگ آمیزی

2. الگوهای باند غیر معمول

دلایل احتمالی:

• قبل از باگیری DNA مارکر گرم نشد.
• دناتوره شدن DNA
• شرایط بارگیری متفاوت برای نمونه DNA و مارکر DNA
• شرایط نا مناسب الکتروفورز
• استفاده از درصد ناصحیح ژل و یا بافر
• مهاجرت غیر معمول به دلیل توالی ها و یا ساختارهای مختلف DNA
• اثر GEL SHIFT
• غلظت بالای نمک در نمونه ها

3. اسمیر شدن باندها

دلایل احتمالی:

• تجزیه شدن DNA توسط نوکلئازها
• شرایط نا مناسب الکتروفورز
• اثر GEL SHIFT
• بارگزاری بیش از اندازه DNA
• غلظت بالای نمک در نمونه
• شکل­گیری نامناسب چاهک های ژل

4. باندهای منحنی شکل DNA

دلایل احتمالی:‌

• ژل به طور کامل در بافر الکتروفورز قرار نگرفته است.
• حجم نمونه ها کم می باشد.
• شرایط عمل الکتروفورز نامناسب است.
• حباب ها و یا ذرات بزرگی در چاهک های ژل و یا خود ژل موجود می باشند.

5. باقی ماندن DNA در چاهک

دلایل احتمالی:

• شکل گیری نا مناسب چاهک های ژل
• بارگیری بیش از اندازه DNA
• آلوده شدن نمونه DNA
• اثر GEL SHIFT

6. تعیین مقدار غلظ

دلایل احتمالی:‌

• شرایط بارگیری متفاوت بین مارکر DNA و نمونه ها
• تعیین باند غلظ مارکر برای تعیین مقدار نمونه
• استفاده از روش تعیین مقدار نامناسب
• رنگ امیزی ناهمگون ژل و نیز رنگ شدن پس زمینه نیز می تواند بر نتایج تعیین مقدار ژل اثر بگذارد.
• پوشیده شدن DNA توسط رنگ های مسیریابی