پلاسمیدها مولکول‌های DNA کوچک حلقوی فرا کروموزومی بوده که توانایی همانند‌سازی غیر وابسته به ژنوم را دارند. به منظور فهم شیوع مولکولی مقاومت پلاسمیدی، بررسی آن‌ها به موضوعی مهم برای شیوع ژن‌های مقاومت به آنتی‌بیوتیک و فلزات سنگین تبدیل شده است. از این رو محدودیت اصلی فهم شیوع پلاسمیدی، تنوع و طبیعت پویای این پلاسمیدهاست. سیستم همانندسازی پلاسمیدی عمل خود را (به سلول) دیکته می‌کند ، میزبان و تعداد نسخه‌ها ویژگی‌های اصلی پلاسمید از دیدگاه زیست شناسی است. تعداد نسخه‌های پلاسمید نقشی حیاتی در ویژگیهای مختلف سلول میزبان دارد. بررسی پروفایل پلاسمید روش بسیار مفیدی برای مطالعات سرولوژیکی باکتری‌های بیماری زا جهت شناسایی سروتایپ خاص در ارتباط با الگوی مرجع مشخص برای رصد سویه‌های معین با تغییرات ممکن در جزئیات پلاسمیدی است. اخیرا پروفایل پلاسمید برای مشخص کردن وابستگی مولکولی در Salmonella spp استفاده شده و روشی بسیار مفید برای تمایز بین سویه‌ها می‌باشد. پلاسمیدها حاوی ژن‌های ضروری برای رشد سلول و بقا بوده و دارای سازوکاری ساده برای انتقال DNA بین سروتایپ‌ها و در میان گونه‌های باکتریایی هستند. از این رو، بررسی پروفایل پلاسمید روشی مفید جهت تمایز بین گونه‌های باکتریایی بر اساس تعداد نسخه‌ها، اندازه و حضور پلاسمید بوده و از طریق استخراج ساده DNA پلاسمیدی، جدا سازی با الکتروفورز ژل آگارز و قابل رویت سازی زیر نور UV در مقایسه با مرجع پلاسمیدی دارای وزن مشخص در سویه باکتریایی (بیشتر E.coli ترجیح داده می‌شود) انجام می‌شود.

پلاسمیدها به شدت آلوده کننده هستند. آن‌ها توانایی انتقال بین باکتری‌های درون یا خارج یک جنس را دارا می‌باشند. تمام عملکرد مورد نیاز برای انتقال آن‌ها سنتز پیلی بوده که توسط ژن‌های روی خود آن‌ها رمز می‌شود. با این وجود، پس از انتقال این ژن و ایجاد شکل ترانس‌گانژوگه، این ژن‌ها توانایی تبدیل شدن به دهنده را جهت کانژوگه‌سازی دیگر دارا بوده که می‌تواند برای چندین نسل تکرار شود. در گذشته، بیشتر بررسی‌های پروفایل پلاسمید برای رصد شیوع ارگانیسم‌های بیماری زا و رصد دسته جدید از پلاسمیدها که ممکن است توانایی شیوع را داشته باشند انجام شده است. با این وجود، امروزه بررسی پروفال پلاسمید تبدیل به آرایه‌ای مفید برای مطالعه دسته‌بندی میکروبی سویه‌های محیطی شده است و همچنین باید به این واقعیت توجه داشت که سویه‌های با پروفایل پلاسمیدی یکسان از نظر ژنوتیپی بسیار به هم نزدیک می‌باشند.